שמרת הוקמה בתוך מלחמת העצמאות אחרי מבצע בן עמי, עוד במאי 28.5.1948.
המייסדים הם חברי שלושה גרעינים של 'השומר הצעיר" :היוצרים' מרומניה, 'היוצר' מהונגריה ו'לוחמי המחתרת' מצ'כוסלובקיה. המייסדים רובם ניצולי שואה שעלו ארצה כמעפילים, חלקם שהו במחנות המעצר בקפריסין.
שלושת הגרעינים התאחדו בארץ במחנה ליד רמת יוחנן וקיבלו הכשרה בקיבוצים דליה, דן, מעברות, גן שמואל, כפר-מסריק והעוגן. חברי הגרעין המאוחד נלחמו באזור במלחמת העצמאות. עם שחרור הדרך לגליל המערבי הם נקראו להתיישב בתחנת הניסיונות החקלאית המנדטורית, הממוקמת צפונית לעכו. שם הוקם הקיבוץ ב-28 במאי 1948, ראשון היישובים שקמו אחרי קום המדינה. בשנת 1950 הועברה תחנת הניסיונות למשרד החקלאות והקיבוץ עבר שני ק"מ צפונה למיקומו הנוכחי.
במהלך השנים הצטרפו לקיבוץ גרעינים של התנועה מארגנטינה ואורוגוואי, מצפון אמריקה ומישראל ובוגרי חברות נוער שהתחנכו במקום. בתחילה נקרא הקיבוץ 'היוצרים' על שם המייסדים. לאחר מכן נקרא על שם שמרת, בנו של אשר, שנחלתו הייתה באזור, וכן על שם תנועת 'השומר הצעיר. אנשי שלושת הגרעינים המייסדים הם כולם ניצולי שואה. לכן נושא השואה הוא אבן דרך מרכזית בהווייה הקיבוצית בשמרת לאורך כל חיי הישוב
